分子模拟方法教学大纲

时间:2021-09-23浏览:413设置

课程编号:030001课程名称:分子模拟方法

总 课 时:54学 分:3

开课单位:化学化工学院开课学期:第二


教学目标

通过本课程的学习,使学生了解该技术的发展状况,熟悉和掌握分子模拟方法的理论、基础、技术应用领域,了解分子模拟可以用来解决什么样的化学相关问题,为进一步在实际的研究中运用分子模拟方法进行辅助研究打下基础。


教学内容和学时分配

第一讲 绪 论(学时数:3学时)

介绍分子模拟方法在化学相关领域的应用,该方法应用的科学意义、与化学试验学科研究的相互促进关系,量子化学的简单理论基础,量子化学计算的理论轮廓------方法和基组。

第二讲 分子模拟计的各种方法(学时数:3学时)

介绍分子模拟的不同层次方法

第三讲 分子轨道理论(学时数:3学时)

多原子分子分子的分子轨道理论的数学形式,包括Hatree近似和Fock近似下的单电子Shrodinger方程,Roothaan-Hall矩阵形式的方程。

第四讲 半经验量子化学计算方法(学时数:3学时)

各种半经验量子化学计算方法的理论近似方法。

第五讲 单电子的特性(学时数:3学时)

介绍分子轨道的形状与分子反应活性的关系、电子密度分布、电子布局数、电子自旋密度、分子轨道和自然分子轨道等在研究化学问题时的应用和分析方法。

第六讲 分子轨道理论的基函数(学时数:3学时)

介绍量子化学计算时的基函数,基函数的选择原则、适用范围等。

第七讲 几何构型优化方法(学时数:3学时)

分子的几何构型和化学反应过渡态结构的优化方法。

第八讲 分子振动频率和能量修正处理方法(学时数:3学时)

分子振动光谱的计算和零点能修正。

第九讲 相关能及分子激发态(学时数:3学时)

讲解分子的相关能处理方法,分子的激发态,可见-紫外光谱。

第十讲 密度泛函计算方法(学时数:3学时)

介绍密度泛函理论方法和TD-DFT含时密度泛函方法。

第十一讲 分子动力学模拟简介及发展历程(学时数:3学时)

介绍动力学的各种模型,各种模型在应用中不断提高精度的发展历程。

第十二讲 分子力学力场简介(学时数:3学时)

分子能量函数表达形式。

第十三讲 分子动力学模拟的基本原理(学时数:3学时)

介绍系统的运动方程及积分方法、边界条件的设定、算法程序。

第十四讲 分子建模(学时数:3学时)

介绍PackmolGaussian 09Materials Studio等多种软件,突出建模时的技巧。

第十五讲 分子动力学模拟流程(学时数:3学时)

介绍分子动力学模拟输入文件的设定方法,相关计算结果数据的分析方法。

第十六讲 软件的安装应用(学时数:3学时)

介绍M.DynamixGaussian 09Materials Studio等软件的安装、使用。

第十七、十八讲 上机具体操作(学时数6学时)

具体讲授软件在应用中的操作方法,练习、熟悉操作步骤,观看计算结果的输出形式,输出结果的物理意义,结果数据的图形化输出,结果的存储、拷贝、打印等等。

教材及主要参考书:

1Gaussian 09使用手册》

2HyperChem for Windows

3《计算化学》(《Computational Chemistry》)David C. Young. Cytoclonal Pharmaceutics Inc.

4《分子模拟(从算法到应用)》汪文川

5《分子模拟的原理与应用》Leach, A. R.


预修课程:

物理化学、结构化学、高等数学、线性代数。



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