鱼病的诊断是病害防治的基础，尤以鱼病的早期诊断更为重要，能否对症下药、能否使药物发挥效果、能否有效控制疾病的传播，都取决于鱼病的诊断。
鱼病诊断应遵照以下程序：
（一）采样
1、病鱼 选择患病濒死或刚死不久、症状典型的病鱼作为诊断检查的对象；对不能立即确诊的疾病应采取冷藏运输方法（4℃）将样本运输至专业实验室进行检查，新鲜样本对鱼病的快速诊断十分重要。如果需要进一步诊断分析，可用固定剂将病鱼或内脏器官组织进行固定和保存。
2、发病池水样 于多个采样点取发病鱼池水样（水面下50－80厘米处），立即送专业实验室分析。
（二）现场调查
1、养殖的品种结构、苗种来源、规格大小、健康状况和放养密度等。
2、池塘清塘消毒以及日常防病措施、使用的药物和使用方法等。
3、投喂饲料的种类、来源、投饵方法、投饵量等。
4、养殖过程中的卫生与健康管理措施。
5、水源、水质、水温、底质等情况。
6、发病和未发病养殖池中鱼的活动情况，如游动、摄食等。
7、发病过程以及采取过的措施，包括发病时间、患病种类、病症与病情、死亡情况、采取的措施与效果等等。
8、发病池塘的面积、底质、水深、水色、透明度等。
（三）病原鉴别
1、肉眼检查
（1）肉眼观察患病鱼体及器官（包括鳃）的颜色有无变化，有无炎症、充血、出血、贫血、肿胀、溃疡、粘液、腹水等，有无异物附着。
（2）肉眼观察患病鱼体有无真菌或寄生虫寄生等。
2、显微镜观检
用镊子刮取皮肤、鳍、鳃等外部器官的粘液，或用眼科剪取其一部分患病组织如鳃丝、鳍条等，于载玻片上制成水浸压片，于显微镜下检查有无真菌或寄生虫寄生，必要时拍照记录观察结果。
3、解剖检查
肉眼检查 解剖新鲜患病鱼，肉眼观察内脏器官组织的颜色和形状有无变化，如炎症、充血、出血、肿胀、溃疡、萎缩退化、肥大增生、体腔积水等病理变化，有无寄生虫及其包囊等。
4、病理切片检查 取一小块患病组织或器官，经固定、脱水、包埋等程序处理后，将样品切片，再用相应的染色方法染色，以显示不同细胞和细胞的变化，然后进行光学或电子显微镜检查（此法需要在专业实验室进行）。
5、PCR仪检测 PCR仪检测技术已被世界动物卫生组织推荐为一些鱼类疾病的诊断方法之一。其主要原理是通过设计特异引物来扩增病原生物的特异基因片段而实现病原生物的确认和疾病的诊断（此法需要在专业实验室进行）。
6、免疫学技术检测 如血清中和试验、免疫荧光、酶联免疫检测等技术（此法需要在专业实验室进行）。
7、药敏试验检测 对可能由细菌引起的疾病，可通过病原分离、培养、鉴定、人工感染等试验后，再进行相应的药敏试验检测。目前，有一种快速药物敏感试验方法可以指导水产用药，即直接从患病鱼腹水或内脏器官采样，涂布培养平板，进行药物敏感试验，其结果是对混合菌群的总体抑制效果。
（四）多病原引起的疾病
进行鱼病诊断时，要分析发病原因和考虑复合或继发感染的可能，确定只要原因和次要原因，再对症治疗。