细胞凋亡、坏死和焦亡信号网络关键节点的识别

摘要：

细胞死亡作为一项基本的生命过程,在生物体的发育、自稳态和病理方面有重要作用.寻找细胞死亡信号通路中的关键节点一直是领域的研究焦点,而信号网络的构建及分析可为其提供重要的理论参考.主要关注凋亡、坏死和焦亡这3种研究最多的细胞死亡方式.首先从已发表文献和生物信息数据库中获取初步数据,对数据进行文本处理,利用处理后的数据构建凋亡、坏死和焦亡的信号网络.然后分别计算各网络的度中心性、介数中心性、接近中心性和特征向量中心性指标,并利用k-壳分解和社团发现方法对节点进行不同的划分.最终综合上述方法所得结果,鉴定出各网络中的关键节点.

As a fundamental biological process,cell death is crucial for development,homeostasis and pathogenesis.Identifying the influential nodes in the cell death signaling pathway has been the focus of intense research,and the construction and analysis of their signaling networks can provide important theoretical implications.Here,we focus on three best characterized pathways,i.e.,apoptosis,necroptosis,and pyroptosis.We firstly obtain the preliminary data from published literature and bioinformatics databases.After text processing,the data are used to construct the signaling networks of apoptosis,necroptosis,and pyroptosis.Then,we calculate the degree centrality,betweenness centrality,closeness centrality,and eigenvector centrality of all nodes in each network,and explore k-shell decomposition and community detection to classify the network nodes.By combining the results obtained from the above methods,we finally identify the vital nodes in each network.

作者：

祁宏 王洋 石艳香

Qi Hong;Wang Yang;Shi Yanxiang(Complex Systems Research Center,Shanxi University,Taiyuan 030006,China;b.School of Mathematical Sciences,Shanxi University,Taiyuan 030006,China)

机构地区：

山西大学复杂系统研究所

引用本文：

《betway官方app 学报(自然科学版)》 CAS  2024年第1期51-59,共9页

Journal of Henan Normal University(Natural Science Edition)

基金：

国家自然科学基金(12275164)。

关键词：

细胞死亡 信号网络 中心性指标 k-壳分解 社团发现

cell death signaling network centrality index k-shell decomposition community detection

分类号：

O29 [理学—应用数学] 

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