水产工程技术研发团队主要是围绕淡水养殖鱼类以及虾类的养殖情况，对我国内陆地区的淡水养殖提供一定的技术指导，致力于水产益生菌的开发与利用，提高我国淡水养殖鱼类的生长新能、免疫指标，以及降低养殖水中氨氮和亚硝酸盐的含量改善水质，其中对水产动物肠道微生物进行深入研究，旨在挖掘出可能应用于水产养殖中的新型益生菌。此外，团队还涉及水产养殖环境毒理以及水产动物遗传育种的研究。具体的研究方向主要包括以下几个方面：

1.产酶益生菌的开发与利用：主要对微生物酶制剂的开发与应用，开发产木聚糖酶、甘露聚糖酶等饲用酶制剂微生物菌株，并利用基因工程技术开发产酶工程菌；另外，，利用工程菌重组酶催化技术合成新的手性药物关键中间体研究，以及红霉素产业化发酵技术研究等。

2.水产动物肠道微生物的研究：研究领域是肠道健康与水产动物的绿色养殖。主要研究内容为水产动物肠道益生菌的分离，经功能验证后将其作为微生态制剂进行池塘养殖，观察其对水产动物的生长性能和抗细菌性疾病的作用，以期获得益生效果较好的鱼源功能益生菌，最终达到部分替代抗生素的作用，实现绿色水产养殖。

3.环境污染与水生动物健康的研究：研究方向主要是环境污染物以及外源因子对鱼类的致毒效应及机理，以及渔业养殖中快速检测产品的研发：通过酶免、胶体金等方法检测水质、疾病和农残药残。

4.水产动物遗产育种：主要研究水产经济动物生殖发育调控、性别决定与分化研究工作。