Exon-Intron Graphic Maker是一个绘制基因结构的在线小工具,它可以根据序列长度等比例绘制gene的结构元件,比如5' UTR、CDS、 外显子、内含子、突变位点、结构域、3' UTR等。
它支持导出PDF格式的矢量图,可生成发表级质量的基因结构图。
工具链接:http://www.wormweb.org/exonintron
打开链接后,首页是这样子的:
至于软件的使用非常简单,只要将对应区域的核酸序列复制粘贴到下图对应的文本框中即可。
这里举个简单的例子,假设已经从文献、数据库(如ensembl,下图)或是GTF/GFF文件拿到了准确的基因结构信息。
首先,先把5' UTR和3' UTR的序列粘贴到相应的文本框中,然后将CDS序列复制粘贴到中间的文本框中,注意,外显子的序列用大写字母表示,内含子的序列用小写字母表示,如下图。小技巧:在word中通过快捷键Shift+F3快速切换选中字母的大小写。
当然也可以用逗号将外显子和内含子分隔开,空格不纳入序列长度的计算中。
输入序列后,该工具会实时显示绘制结果,如上图,左边白色的矩形为5' UTR,右边白色的多边形为3' UTR。还可以在结构图上添加标记,第一个碱基对应的位置为1,这里简单标记了转录起始位点和第二个内含子。
此外,还可以添加蛋白的domain标记。注意,domain的开始位置(1)是起始密码子ATG,是基于氨基酸而不是碱基。可以用于设置domain的颜色为black,red,green,blue,orange,purple和gray这7种颜色。当然调整颜色也不是问题,导出PDF文件后,可在Ai(Adobe illustrator)中进行后期调整。
右上角的标尺默认长度(Scale length)为100 bp,这里改为1000bp。
调整满意后,可右键基因结构图,另存为PNG格式的位图。当然,为了便于后期使用Adobe Illustrator或Inkscape进行编辑,可点击Download High-Quality PDF按钮下载PDF格式的矢量图。
最终的效果如下: