跑出来内参条带难看的话,多半是做胶没做好导致的。这里讲讲做出来内参这样的话怎么办:
没错,跑出来的内参都不齐是吧,理想上内参应该是这样的是吧:
这种问题有几个可能性,一个是蛋白抽提后,没有认真去做蛋白定量,也就是没有大约摸定一下蛋白有多少浓度,导致上样量不一致。当然,就按照内参压出来的浓度来调整上样量就行了。不过,一定要注意的是,这个是在条带差距不大的情况下使用,要是真的内参差异特别大,还需要有别的考量。还有一种就是内参都特别深,没有比较的意义,怎么说呢,WB压片也是有范围的,如果做标曲的话,大概是这样:
也就是说尽量使用线性区范围浓度的上样量,别浓度太高,导致没法分析,这种时候需要降低点上样量。
最关键的一点,就是你有没有选对内参,是不是一直都选GAPDH或者Tubulin之类的?你要确定一下,是不是适合你的实验:
比如虽然Actin和Tubulin都可以用做全细胞的WB内参,但是这两个内参都不适用于年龄差距特别大的样本,而GAPDH不适用于与氧相关的研究。核内参Lamin B1不适用与胚胎干细胞,血清蛋白内参Transferrin会受到维甲酸之类的药物影响。还有的蛋白内参15-17kDa,如果你检测蛋白和这个差不多大小,就不建议用这个内参。方方面面都要考虑到。
如果你尝试了很多次,在蛋白定量很OK的情况下,内参还是不齐,那就很有可能是你选的内参表达量本身就不一致,需要考虑换内参了。
当然,如果你跑出来的内参差异不大的话,比如这样:
就已经很不错了,接下去就均一化(第1泳道数值不会变):
然后计算一下倍数就行了(第1泳道的倍化肯定就是1)。
总结一下哈,怎么夏季把调内参:
1)选择正确且表达稳定的内参
2)蛋白做好定量
3)按照第一次内参的深浅略微调整上样量
4)确定线性浓度,不要浓度太高
5)数据均一化