近期，《Nature Methods》发布了一种称为Aquaria的强大工具，利用这一工具，生命科学家们可以利用公开可用的网络资源，精简了深入了解3D蛋白结构的过程。

Aquaria项目是由澳大利亚加文医学研究所和CSIRO的Seán O'Donoghue博士与慕尼黑工业大学的Andrea Schafferhans博士共同指导完成。该项目始于2009年，包括一个国际团队，大约有十几名程序员和生物信息专家。

Aquaria是建立在蛋白质数据库（Protein Data Bank）的基础之上，其中包含超过100,000个蛋白质结构。

O'Donoghue说：“蛋白质数据库是一个很好的资源，含有生命分子过程的丰富细节，但是我们都知道，很少有生物学家能够充分的利用它。所以我们构建了Aquaria，使这一有价值的信息更容易用以探索发现。”

“我们所做的事情是，把很多额外有用的信息进行分层。例如，我们增加了还没有结构信息的蛋白质序列，但是类似于蛋白质数据库中的一些东西。这意味着我们首先必须找到所有这些相似之处。所以，我们分析了超过500,000个蛋白质序列，并将它们当中的每一个与100,000个已知的蛋白质结构进行对比，这给我们提供了大约4600万个计算机模型。”

“Aquaria是快捷的，它带有一个易于使用的界面，包含与其他相似资源一样多的模型。它也允许用户查看映射到三维结构的其他信息，例如人与人之间的遗传差异。”

“例如，你可以添加导致蛋白质变化的单核苷酸多态性（SNP），然后精确可视化这些变化发生在蛋白质结构中的什么部位。这为‘为什么DNA编码一个小变化有时会导致蛋白质完全改变它们的功能’提供了深刻的见解。”

“然后你可以问一些有趣的问题，如‘这组SNPs聚集成三维结构吗’，这类问题的答案可以设定新的研究方向。”

Aquaria对于范围广泛的生命科学家们将非常有用，从医学研究人员到农业、生物安全、生态和营养学科学家。

Aquaria的灵活性和可扩展性，可让信息以全新的方式进行组合，快速而容易。科学家所需要做的就是，输入自己喜欢的蛋白质名称，然后浏览全新的可能性。