一、一般规则
在文章中使用大家都认可的基因/蛋白质的名称和符号。
二、不同物种有不同的规则
1. 小鼠/大鼠/鸡
(1)一般命名规则(适用于小鼠,大鼠和鸡):
基因的全名不用斜体,也不用希腊字母
例如:insulin-like growth factor 1(胰岛素样生长因子1)
基因符号不用希腊字母和连字符,使用斜体,第一个字母大写,其余小写
例如:Igf1(胰岛素样生长因子1)
蛋白质的名称和基因符号相同,但不用斜体,并全部大写
例如:IGF1
mRNA和cDNA的基因符号和规定的格式
例如:“…levels ofIgf1mRNA increased when…”
首次提到的突变等位基因应该详细列出
例如:Igf1tm1Argeis one of several knockout alleles ofIgf1
这里所有字母和数字用斜体,等位基因的符号(tm1Arge)要用上标;经前面详细描述之后,敲除的纯合子可表示为Igf1-/-(所有字母均用斜体,并且- / -用上标);杂合子为Igf1+ / -等。
(2)对于这些命名规定的详细信息,请参阅
小鼠,大鼠,鸡:http://www.informatics.jax.org/
专门针对大鼠:http://rgd.mcw.edu/
MGI命名:
http://www.informatics.jax.org/mgihome/nomen/index.shtml
基因的MGI快速指南:
http://www.informatics.jax.org/mgihome/nomen/short_gene.shtml
2. 人类/非人类灵长类动物/家畜/ 除了小鼠、大鼠、鱼、昆虫、苍蝇外默认的其他物种
完整的基因名称不用斜体和希腊字母
例如:insulin-like growth factor 1(胰岛素样生长因子1)
基因符号不使用希腊字母和连字符,基因符号用斜体,所有的字母用大写
例如:IGF1
蛋白质的名称与基因符号相同,但不用斜体,并全部大写
例如:IGF1
mRNA和cDNA的基因符号和规定的格式
例如:“…levels ofIGF1mRNA increased when…”
更多关于此类物种基因(突变的等位基因)命名规则和符号的网站:
http://www.genenames.org
3. 鱼(适用于所有的鱼)
完整的基因名称用斜体表示,全部用小写字母,不要用希腊字母
例如:cyclops
基因符号用斜体,全部小写
例如:cyc
蛋白质命名与基因符号相同,但仅首字母大写,也不用斜体
例如:Cyc
看了上面的说明,相信大家已经对基因和蛋白的正确书写有了基本的认识。一般来讲,基因名称应写成斜体,蛋白质则采用正体;而大小写常用于区分不同物种。在描述mRNA时一般使用基因名称,例如:“Expression of theIgf1gene was increased in our transgenic mice”,这里,Igf1是小鼠的基因,所以首字母大写,其余小写,Igf1使用斜体,且加上了gene一词,使读者一目了然,知道这里的Igf1表示基因;又如:“The levels ofIGF1mRNA were elevated in our patient group”,这里的IGF1因为是人类基因,所以全大写且斜体,这种情况也可用“for”来加以连接(如“levels of the mRNA forIGF1”)。另外,“表达” (expression)一词通常用于描述基因表达,如果用于描述蛋白质和mRNA水平,就会引发混乱。因此,在提及蛋白质时,建议不用“表达”一词,而是直接改用“水平(level)” (或“levels”),例如:“ The serum IGF1 levels were elevated in the transgenic mice”,这里的IGF1是指小鼠的蛋白,所以用全大写。
看到以上长长的各种说明,是不是有点晕了,在此梳理了一下,大概总结为以下几条:
1.首先确定物种,之后再对应上面的分种类命名规则;
2.描述mRNA时一般使用基因名称;
3.“表达”一词一啊不能用于描述基因表达;在提及蛋白质时,建议不用“表达”一词,而是直接改用“水平(level)”。
在以后的写作中,希望大家注意所提及物种的适用命名规则;在文章中只要提及蛋白质、基因或mRNA的名称,尽量确保其明白无误,使编辑和读者都能够一目了然。
摘自:南方水产科学(微信:nfsckx)