施普林格·自然集团20日晚对外发布2016自然指数排行榜(Nature Index 2016 Tables)，显示中国是全球高质量科研论文的第二大贡献国，仅次于美国。在排行榜前十的国家中，只有中国在2012至2015年期间呈现两位数的年均增长率(13%)，苏州大学的高质量科研产出更达到年复合增长率25%。
2016自然指数排行榜是根据各国或各科研机构发表的高质量科研论文的数量以及每篇论文相对贡献值等计算方法，最终推出。排行榜中不仅有世界各综合科研机构的排名、国家的排名、大学的排名，还有细分到各专业领域的排名，以及合作最多的科研机构排名等。
在全球科研机构排名中，中科院以1357.82分蝉联榜首，美国哈佛大学(772.33分)排名第二位，法国国家科研中心(CNRS)排名第三。
在全球大学的排名中，哈佛大学、斯坦福大学和东京大学位居前三，北京大学排在第11位，在中国学府中排位最高。中国高校跻身前50名的还有南京大学(20)、清华大学(24)、中国科学技术大学(26)、浙江大学(37)、复旦大学(38)和南开大学(50)。在企业机构排名中，美国IBM第一，瑞士两大制药巨头罗氏和诺华分列二、三位。中国华大基因排第12位，在中国企业中领跑。
在《自然》列出的四大核心学科排名中，中科院在物理、化学、地球与环境科学3个专业排名全球第一。但在生命科学领域，中国科研机构排名普遍较低，除中科院位居第九外，没有其他机构跻身前50位。
自然指数相关负责人认为，自然指数为分析高质量的科研产出带来了一种简明易懂的方法，是对科研界现有衡量标准和评估工具的一个补充，其为科研机构、政策制定者、科研分析人员、商业机构提供一种针对高质量科研产出的观点，同时阐明高质量科研产出和科研合作模式逐步变动的趋势。